澎湖群島的地形低且平，加上位於臺灣海峽中央，因此，氣候深受雨量與季風的影響。

雨量

澎湖群島平均年雨量約有1000毫米左右，80%集中在夏季。在陽光照射與東北季風強烈吹襲之下，雨量的蒸發量每年高達1800毫米。因此，群島上的植物自然的演化出較抗風、耐旱的生態系。

季風

由於澎湖缺乏高山的屏障，冬天的風速較大，每年強風日數高達約100天。根據統計，10月至翌年1月，風速都維持在每秒6公尺以上；但是當結構完整的大陸冷氣團南下時，風速有時會達到8級以上，瞬間陣風則會達到12級左右。