澎湖群島依地層發生先後，簡介如下：

花嶼火山雜岩

此地層為澎湖最老的地層，僅分佈於花嶼，構成岩石以中性的安山岩質為主，其餘夾有流紋岩、火山碎屑岩及石英、綠簾石、長石等礦物。

澎湖層

本層由數次玄武岩熔岩流噴出所構成，各熔岩層並間夾有砂泥岩或凝灰質砂礫岩的沈積岩層所組成，各島嶼海岸均可明顯見到1~3層玄武岩出露，以西嶼外垵或虎井西山最具代表，火山凝灰角礫岩層則以七美牛母坪或龍埕為代表。

南海的桶盤嶼、虎井嶼、七美嶼、望安島及東海的員貝嶼、鳥嶼、雞善嶼、碇鉤嶼、北海的鐵砧嶼、金嶼、目斗嶼……，都是澎湖層十分壯麗的玄武岩出露處。

澎湖層之地層又分上下兩段岩層：
　　上段岩層由露出地表之玄武岩熔岩流與砂泥岩的沈積岩夾層組成，地層內約可見到二至四層玄武岩熔岩，大多為緻密質玄武岩，有明顯柱狀節裡。最下層的玄武岩靠近海面出露處，含有多量氣孔，部份填充文石、方解石等次生礦物。
　　下段岩層是隱伏在海面下數百公尺的中新世地層，由挖掘之深水井得知，岩層中含有海棲化石，此段地層內約有四層玄武岩層，最下層的岩石為微輝長斑岩，鉀氬定年在1720至1760萬年前，而沈積岩則以泥質岩與凝灰質岩為主。

小門嶼層

本層主要露頭在小門嶼，其岩層包括殼灰岩和鐵質石英砂岩 (ferrugieous quartz sandstone) 兩層，本層最厚約20公尺，其年代定為更新世，出露地點除小門嶼外還有七美南端燈塔，西嶼後扈灣、鳥嶼……等。

湖西層

此層為最近一萬年來在湖西鄉一帶之低漥地帶，由鬆軟之灰黃褐色之砂泥層或砂泥互層組成，本層厚約7公尺，部份含有貝殼和珊瑚碎屑等化石，本層年代為早全新世。

現代海濱堆積層

本層分布在各島嶼之灣地，形成厚層堆積物，是澎湖現代海灘、海岸沙丘環境地層的代表，出現較廣地區為白沙島後寮北方、赤崁、澎湖本島北寮、果葉、林投、山水、蒔裡及北海吉貝島沙嘴、險礁嶼、南海望安島南側沙灘。