形成澎湖群島過程中所發生的一連串火山活動，可分為下列三個時期：

中生代晚期火山活動

澎湖地區最古老的岩層只出露於澎湖最西的花嶼，其主要岩石屬島孤型安山岩質之火山岩，地質年代為中生代白堊紀晚期，而岩石受輕度變質作用的時間約為六千五百至六千萬年前。

中新世火山活動

本期的火山活動受南中國海的海底擴張，引發一系列地殼張裂作用，產生了一連串的玄武岩噴發，致形成今日的澎湖群島。此時期開始於一千七百萬至一千八百萬年前之間的中新世初期，之後經過多次噴發，並終止於中新世的晚期（距今約八百二十萬年之前）。

現代地殼運動

澎湖群島自中新世中期末（八百二十萬年前）便停止火山活動，直到更新世才有小門嶼層覆蓋。此第四紀期間除了海水侵蝕作用外，也伴隨地殼升降，陸域頂部也發育了部份的紅土層。到了全新世的海濱堆積層時，群島只有海面昇降變化，已無地殼的隆升作用，地震活動也不再頻繁。