澎湖群島的岩石是由玄武岩流組成的熔岩臺地，經過千百萬年海水的侵蝕與岩盤的升降，才形成今日的地貌景觀。在地形上主要有以下的特徵：

方山地形

所謂「方山」（mesa－來自西班牙文，表示像桌狀的地形）是指頂面平坦而四周有陡峭崖壁圍繞的桌狀地形。澎湖群島的各島嶼由海上眺望，頂面都顯得十分的平坦，島面的岩石受風化和侵蝕影響而略呈平緩起伏。

地勢南北傾斜，南高北低

從最南面大貓嶼的最高點79公尺（據澎湖縣誌所載）一直到最北面的大磽礁、二磽礁漸次潛伏水中，地勢呈現顯著的向北傾斜。

海岸線複雜

澎湖大小島嶼及岩礁很多，海岸線長達320公里（單位面積長度是臺灣的120倍），海岸凹凸曲折與錯綜複雜。除了有由海崖或碎石崖錐構成的海岸之外，也有沙灘或礫石灘構成的。此外，還有最特殊的海蝕臺或珊瑚礁所形成的海岸。

澎湖群島的地形特色，在其綿延的海岸地形，其中海蝕地形造成的海蝕柱、海蝕洞及海蝕拱門……等景觀最為美麗；而受海浪、風、洋流等外營力的侵蝕、搬運與堆積而成的海積地形，如沙灘、沙洲、沙嘴……等，則令人流連忘返；此外風積作用形成的沙丘、生物作用建造的裙礁（ fringing reef ）、巍巍聳立的柱狀玄武岩構成綿延的海崖，或是斷離海中的岩柱……等，這些都令人嘖嘖稱奇，讚嘆大自然的神奇與奧妙！