就岩石的化學成分和礦物的組成來分類，澎湖的玄武岩可分為鹼性玄武岩和矽質玄武岩。矽質玄武岩是群島的主要骨幹（其二氧化矽成份較多，近於52%）；而鹼性玄武岩則體積較小（其二氧化矽較少，近於45%），大多分布於本島邊緣的海岬處。但無論是鹼性或矽質，皆含有橄欖石、斜輝石、斜長石等礦物。比較表格如下：
