玄武岩是火山岩的一種，其熔岩流在冷卻收縮時，會產生許多的收縮中心，之後因收縮產生張力，使岩石發生多角柱狀的破裂面，稱為柱狀節理。在澎湖群島上的玄武岩層中，常可發現節理的發育所形成的粗大石柱，矗峙林立，圍成壯麗的海崖，如雞善嶼、錠鉤嶼、西吉嶼等。如果熔岩是均質或收縮張力平均，就會發生正六角形的節理。當熔岩逐漸由外緣向內部冷卻時，收縮也跟著進行，其多角狀由地表向下延伸，最後終於形成垂直岩面的柱狀節裡。澎湖玄武岩石柱的最大直徑可達二公尺左右，但以五十公分左右較為常見。其節理種類有下四種：
節理
柱狀節理
板狀節（裂）理
片狀節理
不規則狀節理
垂直的柱狀節理以小門嶼、西嶼、桶盤嶼、西吉嶼和七美島最為壯觀；彎曲的柱狀節理則見於小白沙嶼、員貝嶼、貓嶼及七美島等地。
板狀節（裂）理
如七美西北灣、西嶼池西及大果葉等。
片狀節理
如望安島的天臺山、將軍島旁的船帆嶼、東吉嶼港口海崖、金瓜仔嶼及北海的屈爪嶼。
不規則狀節理
如北寮奎壁山崖壁。
斷層
斷層是岩層受應力作用而產生破裂，且破裂面兩側的岩石，曾發生相對的移動。這種的破裂面，稱為斷層面。澎湖地區較大規模的斷層面，僅見於七美島龍埕的東面斷崖，其餘都是地層中小小滑動或斷裂。
正斷層示意圖
褶皺
岩石受到壓力推擠後，發生傾斜或呈波浪狀的彎曲，這種現象叫做褶皺，七美島是最明顯的例子。此外，東岸龍埕風景區的海蝕平臺與牛母坪海崖這兩處褶皺，也是非常特殊的地質構造。
