岩石中礦物顆粒的大小、形狀、排列方式，和它們膠結組成的情形，稱岩理或組織。澎湖玄武岩的熔岩，因冷卻凝固的速率較快，其礦物的顆粒很細，大部份為肉眼無法分辨的微晶顆粒和呈現隱晶質的火山玻璃，少部份呈現斑狀組織者以侵入岩形態出現。因此按岩石組織分類，可分為下列兩種：

緻密狀玄武岩

無氣孔，比重2.9～3.2，顏色大多為深黑色。部分岩層底部有小氣孔柱。

多孔狀玄武岩

氣孔多、比重較小、顏色較有變化。氣孔是岩漿內的氣體當壓力減少時氣泡逸散而留下氣孔洞，多呈橢圓狀，常有方解石、霰石、白雲石、玉髓和褐色的褐鐵礦、菱鐵礦和沸石……等次生礦物，慢慢填充在氣孔中，而形成澎湖的文石。