澎湖玄武岩的節理縫隙或多孔狀玄武岩之孔洞，經流水的沈澱後易形成碳酸鹽類的各種結晶礦物，其中最普遍易見的有以下幾種：

方解石或霰石

二者成份均為碳酸鈣，但結晶不同，澎湖霰石晶形優美，因此中華郵政曾為此礦物出版郵票。方解石（ Calcite ）產量較多，顏色與霰石（ Aragonite ）相同，均呈半透明白色，較常出現於多孔狀玄武岩氣孔內。有些澎湖文石眼內會同時出現這二種礦物，滴上稀鹽酸時，霰石起泡反應較慢。

菱鐵礦

此礦物成份為碳酸鐵，在玄武岩氣孔或洞穴內多成小葡萄球結晶，或成同心圓與方解石、褐鐵礦一起出現。菱鐵礦呈灰黑至灰色，易氧化成褐鐵礦，產量較方解石少。